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Cytoscape是一款强大的生物信息学分析工具，广泛用于基因表达网络、蛋白质互作网络等的研究。ClueGO是Cytoscape的一个插件，它通过提供方便的富集分析及可视化功能，大大增强了生物学数据的解释能力。以下是对ClueGO的相关介绍：

使用便捷性：ClueGO支持200多种物种，并且可以处理多种注释数据集，如GO、KEGG和BIocarta等。用户可以通过简单的文本文档上传或者直接在Cytoscape中导入基因网络图来使用ClueGO。

自动更新：ClueGO的注释数据库及时更新，确保了分析结果的准确性。用户只需一键操作，即可实现最新的ontology和注释源下载，并可轻松整合新的注释源到现有的网络中。

结果展示：ClueGO不仅提供基本的富集分析结果，还以网络形式直观地展示了这些分析结果。用户可以很容易地将预先编辑好的网络添加到已有的网络图中，从而进行进一步的分析或展示。

灵活性：ClueGO支持多种基因标识符和物种，并且具备扩展性。这意味着用户可以根据需要添加或修改注释来源，而无需重新构建整个网络图。

安装流程：虽然ClueGO需要在Cytoscape环境中运行，但安装过程相对简单。用户只需下载ClueGO的App Manager插件，并进行注册后即可使用。这一流程简化了用户的操作步骤，使ClueGO更加易于上手。

性能优化：对于复杂的分析任务，ClueGO提供了超几何方法计算p值的功能，确保了分析结果的精确性。此外，ClueGO还允许用户选择p值小于0.05的阈值，以便快速筛选出显著的富集结果。

ClueGO作为Cytoscape的一个强大插件，为生物信息学研究提供了极大的便利。其自动化的注释更新、丰富的结果展示方式以及灵活的安装流程，使得该工具成为研究人员不可或缺的工具之一。

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